doc. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.


Pozice: vedoucí pracoviště
Zaměření: molekulární ekologie
Oddělení: Detašované pracoviště Studenec
Telefon: +420 560 590 601
E-mail: bryjabrno.cas.cz

Výzkumné směry

  • molekulární ekologie obratlovců (vztah neutrální a adaptivní variability, imunogenetika, ochranářská genetika, pohlavní výběr),
  • ekologie savců, zejména hlodavců (poměr pohlaví, populační dynamika, struktura společenstev),
  • fylogeografie, taxonomie a fylogenetika drobných savců, zejména v Africe.

Řešené projekty

Evoluce hlodavců a jejich parazitů v otevřených biotopech východní Afriky (2015-2017)

Ukončené projekty

Biologie rypošovitých z mezických tropických oblastí (2008-2011)

BIOM: Vzdělávací centrum pro biodiverzitu – Mohelský mlýn (2015-2016)

Genetická struktura populací perlorodky říční v České republice (2009-2010)

NextGenProject: Technologie nové generace v evoluční genetice (2012-2015)

Ochranářská genetika vybraných obratlovců západního Balkánu (2008-2009)

PROVAZ: PROpojení Vzdělávání A nových přístupů v Zoologicko-ekologickém výzkumu - od teorie k praxi (2011-2014)

Role MHC v sexuální selekci - observační a experimentální studie u tří modelových druhů obratlovců (2006-2008)

Srovnávací fylogeografie jihovýchodní Afriky (region Zambezi) na modelu drobných savců (2010-2014)

Toll-like receptory u pěvců: popis, polymorfismus a evoluční důsledky alelické variability (2010-2014)

Vnitrodruhová variabilita populací dvou kryptických druhů netopýrů rodu Pipistrellus ve střední Evropě (2006-2008)

Workshop - Využití genetických zdrojů k efektivní ochraně ohrožených druhů (2010-2012)

Vzdělání

  • 1992-2000: Masarykova univerzita Brno, Přírodovědecká fakulta.
  • 1992-1997: magisterské studium - Systematická biologie a ekologie. Diplomová práce: Struktura synuzií drobných zemních savců v různých biotopech CHKO Poodří, (Mgr.; vedoucí Z. Řehák).
  • 1993-1998: magisterské studium - Molekulární biologie a genetika. Diplomová práce: Příprava zkrácené varianty genu pro retinoidový receptor RXR alpha a jeho přenos do monoblastové linie BM2, (Mgr.; vedoucí J. Šmarda).
  • 1997-2000: postgraduální studium - Zoologie (zaměřeno na populační dynamiku hrabošovitých hlodavců). Doktorská práce: Demografická charakteristika populace hraboše polního (Microtus arvalis) na jižní Moravě, (Ph.D.; školitel J. Gaisler).

Zaměstnání

Ústav biologie obratlovců AV ČR, v.v.i.:

  • 1997-2000: odborný VŠ pracovník
  • 2001-2010: vědecký pracovník, zodpovědný za provoz laboratoře molekulární genetiky na oddělení populační biologie ve Studenci
  • 2010-současnost: vedoucí vědecký pracovník, vedoucí detašovaného pracoviště ÚBO AV ČR, v.v.i., ve Studenci
  • 2011-současnost: vědecký tajemník ÚBO AV ČR, v.v.i.
  • 2012-současnost: předseda Rady ÚBO AV ČR, v.v.i.

Ústav botaniky a zoologie, Přírodovědecká fakulta MU, Brno:

  • 2003-2009: odborný pracovník (částečný úvazek)
  • 2009-současnost: docent (částečný úvazek)
  • výuka: Molekulární ekologie (od r. 2015 s M. Macholánem a A. Konečným), Genetické metody v zoologii (s M. Macholánem), Pokroky ve výzkumu obratlovců (s T. Bartoničkou)
  • školitel bakalářských, magisterských a postgraduálních studentů

Vědecká a organizační činnost

  • pravidelný hlavní organizátor největší česko-slovenské zoologické konference Zoologické dny,
  • recenzent odborných časopisů a oponent grantových návrhů,
  • oponent závěrečných studentských prací a člen zkušebních komisí v České republice, na Slovensku, ve Francii a v Belgii,
  • školitel nebo konzultant 21 bakalářských, 27 magisterských a 17 PhD studentů na PřF MU Brno, PřF JU České Budějovice, PřF UK Praha a Université Montpellier II.

Vybrané mezinárodní zkušenosti a spolupráce

  • 2004-2006: Centre de Biologie et Gestion des Populations, INRA, Montferriez-le-Lez, France (J.F. Cosson, N. Charbonnel).
  • 2004-2009: zástupce České republiky v mezinárodním řídícím výboru vědeckého programu European Science Foundation "Integrating population genetics and conservation biology: Merging theoretical, experimental and applied approaches".
  • září 2008: organizace Letní školy ochranářské genetiky v Liblicích (podporováno European Science Foundation) za účasti studentů a školitelů z 19 evropských zemí.
  • 2004-současnost: organizace či účast na terénních expedicích v Africe (Senegal, Mosambik, Keňa, Etiopie, Tanzánie, Madagaskar), spolupráce s africkými, evropskými a americkými kolegy na výzkumu afrických savců.
  • 2005-2013: školitel dvou doktorandů pod dvojím vedením na Université Motpellier II, Francie.
  • krátké pracovní pobyty a zvané přednášky na evropských výzkumných institucích (Francie - CBGP, Université Montpellier, Muséum national d´Histoire naturelle, Université de Rennes; Dánsko - University of Aarhus; Belgie - University of Antwerp, Royal Belgian Institute for Natural Sciences, Brussels; Itálie - Centre for Research and Innovation, S. Michele all’Adige; Slovinsko - University of Koper aj.).
  • 2009-2013: zástupce České republiky v konsorciu CONGRESS (Conservation of Genetic Resources for Effective Species Survival), projekt 7RP EU; 2012 - hlavní organizátor dvou mezinárodních workshopů zaměřených na ochranářskou genetiku (Slovensko, Maďarsko).

Současní Ph.D. studenti

  • Aghová Tatiana: Comparative phylogeography of the Somali-Maasai region in eastern Africa using selected rodent species as a model, ÚBZ PřF MU, Brno (školitel, konzultant R. Šumbera)
  • Bartáková Veronika: The effects of non-native species on host-parasite relationships, ÚBZ PřF MU, Brno (školitel, konzultant M. Reichard)
  • Králová Tereza: The effect of life histories on the variation of immune genes in passerines - a comparative approach, ÚBZ PřF MU, Brno. (školitel, konzultanti T. Albrecht, M. Vinkler)
  • Mazoch Vladimír: Phylogeography of small mammals in the Zambezian savannahs. KZ PřF JU, České Budějovice. (školitel specialista, školitel R. Šumbera)
  • Těšíková Jana: Quantifying viral gene capture, and the host’s response, during passage across a species barrier: Murine cytomegalovirus in a house mouse hybrid zone. (konzultant, školitelka J. Göuy de Bellocq)
  • Turbaková Barbora: Conservation genetics of European lynx in Central Europe. ÚBZ PřF MU, Brno. (školitel)
  • Krásová Jarmila: Historical biogeography of mountain regions of Eastern Africa using small mammals as a model. KZ PřF JU, České Budějovice. (školitel-specialista, školitel R. Šumbera)
  • Hánová Alexandra: Factors affecting population genetic structure of rodents in savannahs. ÚBZ PřF MU, Brno. (konzultant, školitel A. Konečný)

Současní bakalářští a magisterští studenti

  • Petružela Jan: Parasites of the genus Pneumocystis in African rodents. ÚBZ PřF MU, Brno. (vedoucí)
  • Jasinský Aleš: Biologická rozmanitost hlodavců rodu Aethomys v celoafrickém kontextu. ÚBZ PřF MU, Brno. (vedoucí)
  • Mizerovská Daniela: Evoluční historie druhového komplexu Praomys jacksoni (Rodentia: Murinae). ÚBZ PřF MU, Brno. (vedoucí)
  • Bureš Michal: Evoluční historie a rozšíření bělozubek druhů Crocidura hirta a flavescens ve východní Africe. ÚBZ PřF MU, Brno. (konzultant, vedoucí A. Konečný)

Bývalí Ph.D. studenti

  • Čížková Dagmar, 2015: Major histocompatibility complex variation in the house mice hybrid zone. ÚEB PřF MU, Brno. (školitel)
  • Wasimuddin, 2014: Genetic variation of selected pathogens in the house mouse hybrid zone. (školitel, konzultanti J.Gouy de Bellocq and J.Piálek
  • Zemanová Barbora, 2014: Genetic structure of chamois populations in Central Europe. ÚBZ PřF MU, Brno. (školitel)
  • Fornůsková Alena, 2013: Genes of innate immunity and their significance in evolutionary ecology of free living rodents. ÚBZ PřF MU, Brno a Université Montpellier II. (školitel, spolu s J.F. Cosson, doktorát pod dvojím vedením)
  • Patzenhauerová-Konvičková Hana, 2013: Bathyergid rodents of mesic tropical regions: Phylogeography, kinship structure and mating systems. ÚBZ PřF MU, Brno. (školitel)
  • Poláková Radka, 2011: The effect of genetic factors on reproductive success in a socially monogamous songbird. ÚBZ PřF MU, Brno. (školitel, konzultant T.Albrecht)
  • Říčanová Štěpánka, 2011: Phylogeography and conservation genetics of the European ground squirrel. KZ PřF JU, České Budějovice. (školitel specialista, školitel F.Sedláček)
  • Promerová Marta, 2011: Major histocompatibility complex genes: their variation and impact on fitness in a socially monogamous passerine. ÚBZ PřF MU, Brno. (školitel, konzultant T.Albrecht)
  • Konečný Adam, 2009: Consequences of anthropogenic changes on rodent communities and populations: study cases on native and introduced species in Eastern Senegal. ÚBZ PřF MU, Brno a Université Montpellier II. (školitel, spolu s J.M.Duplantier a J.F.Cosson; doktorát pod dvojím vedením)
  • Hájková Petra, 2008: Conservation genetics of the Eurasian otter. ÚBZ PřF MU, Brno. (konzultant, školitel P.Jurajda)

Publikace

2017

Aghová T., Šumbera R., Piálek L., Mikula O., McDonough M. M., Lavrenchenko L. A., Meheretu Y., Mbau J. S., Bryja J.: Multilocus phylogeny of East African gerbils (Rodentia, Gerbilliscus) illuminates the history of the Somali-Masai savanna, Journal of Biogeography (2017) .

Bryja J., Šumbera R., Kerbis Peterhans J. C., Aghová T., Bryjová A., Mikula O., Nicolas V., Denys C., Verheyen E.: Evolutionary history of the thicket rats (genus Grammomys) mirrors the evolution of African forests since late Miocene, Journal of Biogeography 44 (2017) 182-194.

Horníček J., Menclová P., Popelková A., Rymešová D., Zárybnická M., Bryja J., Svobodová J.: Microsatellite analysis detects low rate of extra-pair paternity in Tengmalm’s owl, Aegolius funereus, Folia zoologica 66 (2017) 22-28.

Lavrenchenko L. A., Nadjafova R. S., Bekele A., Mironova T. A., Bryja J.: Phylogenetic position of a monotypic Ethiopian endemic rodent genus Megadendromus (Rodentia, Nesomyidae), Mammalia 81 (2017) 71-82.

Rymešová D., Králová T., Promerová M., Bryja J., Tomášek O., Svobodová J., Šmilauer P., Šálek M., Albrecht T.: Mate choice for major histocompatibility complex complementarity in a strictly monogamous bird, the grey partridge (Perdix perdix), Frontiers in Zoology 14 (2017) .

Těšíková J., Bryjová A., Bryja J., Lavrenchenko L. A., Goüy de Bellocq J.: Hantavirus strains in East Africa related to Western African hantaviruses, Vector-Borne and Zoonotic Diseases 17 (2017) 278-280.


2016

Goüy de Bellocq J., Těšíková J., Meheretu Y., Čížková D., Bryjová A., Leirs H., Bryja J.: Complete genome characterisation and phylogenetic position of Tigray hantavirus from the Ethiopian white-footed mouse, Stenocephalemys albipes, Infection, Genetics and Evolution (2016) 242-245.

Mikula O., Šumbera R., Aghová T., Mbau J. S., Katakweba A. S., Sabuni C. A., Bryja J.: Evolutionary history and species diversity of African pouched mice (Rodentia: Nesomyidae: Saccostomus), Zoologica Scripta 45 (2016) 595-617.

Wasimuddin W., Bryja J., Ribas A., Baird Stuart J. E., Piálek J., Goüy de Bellocq J.: Testing parasite "intimacy": the whipworm Trichuris muris in the European house mouse hybrid zone, Ecology and Evolution 6 (2016) 2688-2701.


2015

Bartáková V., Reichard M., Blažek R., Polačik M., Bryja J.: Terrestrial fishes: rivers are barriers to gene flow in annual fishes from the African savanna, Journal of Biogeography 42 (2015) 1832-1844.

Jacquet F., Denys C., Verheyen E., Bryja J., Hutterer R., Kerbis Peterhans J. C., Stanley W. T., Goodman S. M., Couloux A., Colyn M., Nicolas V.: Phylogeography and evolutionary history of the Crocidura olivieri complex (Mammalia, Soricomorpha): from a forest origin to broad ecological expansion across Africa, BMC Evolutionary Biology 15 (2015) 71.

Jánová E., Bryja J., Čižmár D., Čepelka L., Heroldová M.: A new method for assessing food quality in common vole (Microtus arvalis) populations, European Journal of Wildlife Research 61 (2015) 57-62.

Kaňuch P., Aghová T., Meheretu Y., Šumbera R., Bryja J.: New discoveries on the ecology and echolocation of the heart-nosed bat Cardioderma cor with a contribution to the phylogeny of Megadermatidae, African Zoology 50 (2015) 53-57.

McDonough M. M., Šumbera R., Mazoch V., Ferguson A. W., Phillips C. D., Bryja J.: Multilocus phylogeography of a widespread savanna-woodland adapted rodent reveals the influence of Pleistocene geomorphology and climate change in Africa's Zambezi region, Molecular Ecology 24 (2015) 5248-5266.

Meheretu Y., Šumbera R., Bryja J.: Enigmatic Ethiopian endemic rodent Muriculus imberbis (Rüppell 1842) represents a separate lineage within genus Mus, Mammalia 79 (2015) 15-23.

Popa O. P., Bartáková V., Bryja J., Reichard M., Popa L. O.: Characterization of nine microsatellite markers and development of multiplex PCRs for the Chinese huge musel Anodonta (Sinanodonta) woodiana Lea, 1834 (Mollusca, Bivalvia), Biochemical Systematics and Ecology 60 (2015) 234-237.

Vinkler M., Bainová H., Bryjová A., Tomášek O., Albrecht T., Bryja J.: Characterisation of Toll-like receptors 4, 5 and 7 and their genetic variation in the grey partridge, Genetica 143 (2015) 101-112.

Winternitz J., Promerová M., Poláková R., Vinkler M., Schnitzer J., Munclinger P., Babik W., Radwan J., Bryja J., Albrecht T.: Effects of heterozygosity and MHC diversity on patterns of extra-pair paternity in the socially monogamous scarlet rosefinch, Behavioral Ecology and Sociobiology 69 (2015) 459-469.

Zemanová B., Hájková P., Hájek B., Martínková N., Mikulíček P., Zima J., Bryja J.: Extremely low genetic variation in endangered Tatra chamois and evidence for hybridization with an introduced Alpine population, Conservation Genetics 16 (2015) 729-741.


2014

Bainová H., Králová T., Bryjová A., Albrecht T., Bryja J., Vinkler M.: First evidence of independent pseudogenization of Toll-like receptor 5 in passerine birds, Developmental and Comparative Immunology 45 (2014) 151-155.

Bryja J., Mikula O., Patzenhauerová H., Oguge N. O., Šumbera R., Verheyen E.: The role of dispersal and vicariance in the Pleistocene history of an East African mountain rodent, Praomys delectorum, Journal of Biogeography 41 (2014) 196-208.

Bryja J., Mikula O., Šumbera R., Meheretu Y., Aghová T., Lavrenchenko L. A., Mazoch V., Oguge N., Mbau J. S., Welegerima K., Amundala N., Colyn M., Leirs H., Verheyen E.: Pan-African phylogeny of Mus (subgenus Nannomys) reveals one of the most successful mammal radiations in Africa, BMC Evolutionary Biology 14 (2014) 256.

Fornůsková A., Bryja J., Vinkler M., Macholán M., Piálek J.: Contrasting patterns of polymorphism and selection in bacterial-sensing toll-like receptor 4 in two house mouse subspecies, Ecology and Evolution 4 (2014) 2931-2944.

Fornůsková A., Petit E.J., Bartonička T., Kaňuch P., Butet A., Řehák Z., Bryja J.: Strong matrilineal structure in common pipistrelle bats (Pipistrellus pipistrellus) is associated with variability in echolocation calls, Biological Journal of the Linnean Society 113 (2014) 1115-1125.

Vinkler M., Bainová H., Bryja J.: Protein evolution of Toll-like receptors 4, 5 and 7 within Galloanserae birds, Genetics Selection Evolution 46 (2014) 72.


2013

Bartáková V., Reichard M., Janko K., Polačik M., Blažek R., Reichwald K., Cellerino A., Bryja J.: Strong population genetic structuring in an annual fish, Nothobranchius furzeri, suggests multiple savannah refugia in southern Mozambique, BMC Evolutionary Biology 13 (2013) 196.

Buzan E. V., Bryja J., Zemanová B., Kryštufek B.: Population genetics of chamois in the contact zone between the Alps and the Dinaric Mountains: uncovering the role of habitat fragmentation and past management, Conservation Genetics 14 (2013) 401-412.

Ćosić N., Říčanová Š., Bryja J., Penezić A., Ćirović D.: Do rivers and human-induced habitat fragmentation affect genetic diversity and population structure of the European ground squirrel at the edge of its Pannonian range?, Conservation Genetics 14 (2013) 345-354.

Fornůsková A., Vinkler M., Pages M., Galan M., Jousselin E., Cerqueira F., Morand S., Charbonnel N., Bryja J., Cosson J.-F.: Contrasted evolutionary histories of two Toll-like receptors (Tlr4 and Tlr7) in wild rodents (MURINAE), BMC Evolutionary Biology 13 (2013) 194.

Hoban S., Gaggiotti O., Bertorelle G., Arntzen P., Bryja J., Fernandes M., Frith K., Galbusera P., Godoy J. A., Hauffe H. C., Hoelzel R., Nichols R., Perez-Espona S., Primmer C., Russo I.-R. M., Segelbacher G., Siegismund H. R., Sihvonen M., Sjoegren-Gulve P., Vernesi C., Vila C., Bruford M. W.: Sample Planning Optimization Tool for conservation and population Genetics (SPOTG): a software for choosing the appropriate number of markers and samples, Methods in Ecology and Evolution 4 (2013) 299-303.

Hoban S. M., Hauffe H. C., Pérez-Espona S., Arntzen J. W., Bertorelle G., Bryja J., Frith K., Gaggiotti O. E., Galbusera P., Godoy J. A., Hoelzel A. R., Nichols R. A., Primmer C. R., Russo I.-R., Segelbacher G., Siegismund H. R., Sihvonen M., Vernesi C., Vila C., Bruford M. W.: Bringing genetic diversity to the forefront of conservation policy and management, Conservation genetics resources 5 (2013) 593-598.

Hoban S. M., Arntzen J. W., Bertorelle G., Bryja J., Fernandes M., Frith K., Gaggiotti O. E., Galbusera P., Godoy J. A., Hauffe H. C., Hoelzel A. R., Nichols R. A., Pérez-Espona S., Primmer C. R., Russo I.-R., Segelbacher G., Siegismund H. R., Sihvonen M., Sjögren-Gulve P., Vernesi C., Vila C., Bruford M. W.: Conservation Genetic Resources for Effective Species Survival (ConGRESS): Bridging the divide between conservation research and practice, Journal for Nature Conservation 21 (2013) 433-437.

Konečný A., Estoup A., Duplantier J.-M., Bryja J., Ba K., Galan M., Tatard C., Cosson J.-F.: Invasion genetics of the introduced black rat (Rattus rattus) in Senegal, West Africa, Molecular Ecology 22 (2013) 286-300.

Patzenhauerová H., Šklíba J., Bryja J., Šumbera R.: Parentage analysis of Ansell’s mole-rat family groups indicates a high reproductive skew despite relatively relaxed ecological constraints on dispersal, Molecular Ecology 22 (2013) 4988-5000.

Promerová M., Králová T., Bryjová A., Albrecht T., Bryja J.: MHC class IIB Exon 2 Polymorphism in the Grey Partridge (Perdix perdix) is shaped by selection, recombination and gene conversion, PLoS ONE 8 (2013) .

Říčanová Š., Koshev Y., Říčan O., Ćosić N., Ćirović D., Sedláček F., Bryja J.: Multilocus phylogeography of the European ground squirrel: cryptic interglacial refugia of continental climate in Europe, Molecular Ecology 22 (2013) 4256-4269.


2012

Bryja J., Mazoch V., Patzenhauerová H., Mateke C., Zima Jr. J., Šklíba J., Šumbera R.: Revised occurrence of rodents from the tribe Praomyini (Muridae) in Zambia based on mitochondrial DNA analyses: implications for biogeography and conservation, Folia zoologica 61 (2012) 268-283.

Heroldová M., Bryja J., Jánová E., Suchomel J., Homolka M.: Rodent damage to natural and replanted mountain forest regeneration, Scientific World Journal 2012 (2012) 872536.

Malé P.-J, G., Martin J.-F., Galan M., Deffontaine V., Bryja J., Cosson J.-F., Michaux J., Charbonnel N.: Discongruence of Mhc and cytochrome b phylogeographical patterns in Myodes glareolus (Rodentia: Cricetidae), Biological Journal of the Linnean Society 105 (2012) 881-899.

Meheretu Y., Čížková D., Těšíková J., Welegerima K., Tomas Z., Kidane D., Girmay K., Schmidt-Chanasit J., Bryja J., Günther S., Bryjová A., Leirs H., Goüy de Bellocq J.: High diversity of RNA viruses in rodents, Ethiopia, Emerging Infectious Diseases 18 (2012) 2047-2050.

Poláková R., Schnitzer J., Vinkler M., Bryja J., Munclinger P., Albrecht T.: Effect of extra-pair paternity and parental quality on brood sex ratio in the scarlet rosefinch Carpodacus erythrinus, Folia zoologica 61 (2012) 225-232.

Promerová M., Babik W., Bryja J., Albrecht T., Stuglik M., Radwan J.: Evaluation of two approaches to genotyping major histocompatibility complex class I in a passerine—CE-SSCP and 454 pyrosequencing, Molecular Ecology Resources 12 (2012) 285-292.

Reichard M., Spence R., Bryjová A., Bryja J., Smith C.: Female rose bitterling prefer MHC-dissimilar males: experimental evidence, PLoS ONE 7 (2012) .

Seifertová M., Bryja J., Vyskočilová M., Martínková N., Šimková A.: Multiple Pleistocene refugia and postglacial colonization in the European chub (Squalius cephalus) revealed by combined use of nuclear and mitochondrial markers, Journal of Biogeography 39 (2012) 1024-1040.

Šumbera R., Mazoch V., Patzenhauerová H., Lövy M., Šklíba J., Bryja J., Burda H.: Burrow architecture, family composition and habitat characteristics of the largest social African mole-rat: the giant mole-rat constructs really giant burrow systems, Acta Theriologica 57 (2012) 121-130.

Wasimuddin W., Čížková D., Ribas A., Piálek J., Goüy de Bellocq J., Bryja J.: Development and characterization of multiplex panels of microsatellite markers for Syphacia obvelata, a parasite of the house mouse (Mus musculus), using a high throughput DNA sequencing approach, Molecular and Biochemical Parasitology 185 (2012) 154-156.

Wasimuddin W., Čížková D., Bryja J., Albrechtová J., Hauffe H. C., Piálek J.: High prevalence and species diversity of Helicobacter spp. detected in wild house mice, Applied and Environmental Microbiology 78 (2012) 8158-8160.


2011

Čížková D., Goüy de Bellocq J., Baird S. J. E., Piálek J., Bryja J.: Genetic structure and contrasting selection pattern at two major histocompatibility complex genes in wild house mouse populations, Heredity 106 (2011) 727-740.

Demontis D., Czarnomska S. D., Hájková P., Zemanová B., Bryja J., Loeschcke V., Pertoldi C.: Characterization of 151 SNPs for population structure analysis of the endangered Tatra chamois (Rupicapra rupicapra tatrica) and its relative, the Alpine chamois (R. r. rupicapra), Mammalian Biology 76 (2011) 644-645.

Jánová E., Heroldová M., Konečný A., Bryja J.: Traditional and diversified crops in South Moravia (Czech Republic): Habitat preferences of common vole and mice species, Mammalian Biology 76 (2011) 570-576.

Procházka P., Stokke B. G., Jensen H., Fainová D., Bellinvia E., Fossoy F., Vikan J. R., Bryja J., Soler M.: Low genetic differentiation among reed warbler Acrocephalus scirpaceus populations across Europe, Journal of avian biology 42 (2011) 103-113.

Promerová M., Vinkler M., Bryja J., Poláková R., Schnitzer J., Munclinger P., Albrecht T.: Occurrence of extra-pair paternity is connected to social male’s MHC-variability in the scarlet rosefinch Carpodacus erythrinus, Journal of avian biology 42 (2011) 5-10.

Reichard M., Bryja J., Polačik M., Smith C.: No evidence for host specialization or host-race formation in the European bitterling (Rhodeus amarus), a fish that parasitizes freshwater mussels, Molecular Ecology 20 (2011) 3631-3643.

Říčanová Š., Bryja J., Cosson J.-F., Gedeon C., Choleva L., Ambros M., Sedláček F.: Depleted genetic variation of the European ground squirrel in Central Europe in both microsatellites and the major histocompatibility complex gene: implications for conservation, Conservation Genetics 12 (2011) 1115-1129.

Zemanová B., Hájková P., Bryja J., Zima Jr. J., Hájková A., Zima J.: Development of multiplex microsatellite sets for noninvasive population genetic study of the endangered Tatra chamois, Folia zoologica 60 (2011) 70-80.


2010

Agbali M., Reichard M., Bryjová A., Bryja J., Smith C.: Mate choice for nonadditive genetic benefits correlate with MHC dissimilarity in the rose bitterling (Rhodeus ocellatus), Evolution 64 (2010) 1683-1696.

Bartonička T., Kaňuch P., Bímová B., Bryja J.: Olfactory discrimination between two cryptic species of bats Pipistrellus pipistrellus and P. pygmaeus, Folia zoologica 59 (2010) 175-182.

Bryja J., Granjon L., Dobigny G., Patzenhauerová H., Konečný A., Duplantier J.-M., Gauthier P., Colyn M., Durnez L., Lalis A., Nicolas V.: Plio-Pleistocene history of West African Sudanian savanna and the phylogeography of the Praomys daltoni complex (Rodentia): the environment/geography/genetic interplay, Molecular Ecology 19 (2010) 4783-4799.

Bryja J., Smith C., Konečný A., Reichard M.: Range-wide population genetic structure of the European bitterling (Rhodeus amarus) based on microsatellite and mitochondrial DNA analysis, Molecular Ecology 19 (2010) 4708-4722.

Bryja J., Uhrin M., Kaňuch P., Bémová P., Martínková N., Zukal J.: Mitochondrial DNA confirms low genetic variation of the greater mouse-eared bats, Myotis myotis, in Central Europe, Acta Chiropterologica 12 (2010) 73-81.

Bužan E. V., Kryštufek B., Bryja J.: Microsatellite markers confirm extensive population fragmentation of the endangered Balkan palaeoendemic Martino’s vole (Dinaromys bogdanovi), Conservation Genetics 11 (2010) 1783-1794.

Heroldová M., Pejčoch M., Bryja J., Jánová E., Suchomel J., Tkadlec E.: Tula virus in populations of small terrestrial mammals in a rural landscape, Vector-Borne and Zoonotic Diseases 10 (2010) 599-603.

Hulva P., Fornůsková A., Chudárková A., Evin A., Allegrini B., Benda P., Bryja J.: Mechanisms of radiation in a bat group from the genus Pipistrellus inferred by phylogeography, demography and population genetics, Molecular Ecology 19 (2010) 5417-5431.

Charbonnel N., Bryja J., Galan M., Deter J., Tollenaere C., Chaval Y., Morand S., Cosson J.-F.: Negative relationships between cellular immune response, Mhc class II heterozygosity and secondary sexual trait in the montane water vole, Evolutionary Applications 3 (2010) 279-290.

Jánová E., Nesvadbová J., Heroldová M., Bryja J.: Effectiveness of two trapping protocols for studying the demography of common voles, Hystrix 21 (2010) 189-193.

Kaňuch P., Fornůsková A., Bartonička T., Bryja J., Řehák Z.: Do two cryptic pipistrelle bat species differ in their autumn and winter roosting strategies within the range of sympatry?, Folia zoologica 59 (2010) 102-107.

Konečný A., Koubek P., Bryja J.: Indications of higher diversity and abundance of small rodents in human-influenced Sudanian savannah than in the Niokolo Koba National Park (Senegal), African Journal of Ecology 48 (2010) 718-726.

Patzenhauerová H., Bryja J., Šumbera R.: Kinship structure and mating system in a solitary subterranean rodent, the silvery mole-rat, Behavioral Ecology and Sociobiology 64 (2010) 757-767.


2009

Albrecht T., Vinkler M., Schnitzer J., Poláková R., Munclinger P., Bryja J.: Extra-pair fertilizations contribute to selection on secondary male ornamentation in a socially monogamous passerine, Journal of Evolutionary Biology 22 (2009) 2020-2030.

Bryja J., Kaňuch P., Fornůsková A., Bartonička T., Řehák Z.: Low population genetic structuring of two cryptic bat species suggests their migratory behaviour in continental Europe, Biological Journal of the Linnean Society 96 (2009) 103-114.

Clift L. E., Andrlíková P., Frolíková M., Stopka P., Bryja J., Flanagan B. F., Johnson P. M., Dvořáková-Hortová K.: Absence of spermatozoal CD46 protein expression and associated rapid acrosome reaction rate in striped field mice (Apodemus agrarius), Reproductive Biology and Endocrinology 7 (2009) 1-9.

Kryštufek B., Bryja J., Bužan E. V.: Mitochondrial phylogeography of the European ground squirrel, Spermophilus citellus, yields evidence on refugia for steppic taxa in the southern Balkans, Heredity 103 (2009) 129-135.

Promerová M., Albrecht T., Bryja J.: Extremely high MHC class I variation in a population of a long-distance migrant, the Scarlet Rosefinch (Carpodacus erythrinus), Immunogenetics 61 (2009) 451-461.

Reichard M., Ondračková M., Bryjová A., Smith C., Bryja J.: Breeding resource distribution affects selection gradients on male phenotypic traits: experimental study on lifetime reproductive success in the bitterling fish (Rhodeus amarus), Evolution 63 (2009) 377-390.

Vinkler M., Bryjová A., Albrecht T., Bryja J.: Identification of the first toll-like receptor gene in passerine birds: TLR4 orthologue in zebra finch (Taeniopygia guttata), Tissue Antigens 74 (2009) 32-41.


2008

Bryja J., Patzenhauerová H., Albrecht T., Mošanský L., Stanko M., Stopka P.: Varying levels of female promiscuity in four Apodemus mice species, Behavioral Ecology and Sociobiology 63 (2008) 251-260.

Deter J., Bryja J., Chaval Y., Galan M., Henttonen H., Laakkonen J., Voutilainen L., Vapalahti O., Vaheri A., Salvador A. R., Morand S., Cosson J.-F., Charbonnel N.: Association between the DQA MHC class II gene and Puumala virus infection in Myodes glareolus, the bank vole, Infection, Genetics and Evolution (2008) 450-458.

Heroldová M., Tkadlec E., Bryja J., Zejda J.: Wheat or barley? Feeding preferences affect distribution of three rodent species in agricultural landscape, Applied Animal Behaviour Science 110 (2008) 354-362.

Jánová E., Heroldová M., Bryja J.: Conspicuous demographic and individual changes in a population of the common vole in a set-aside alfalfa field, Annales Zoologici Fennici 45 (2008) 39-54.

Nicolas V., Bryja J., Akpatou B., Konečný A., Lecompte E., Colyn M., Lalis A., Couloux A., Denys C., Granjon L.: Comparative phylogeography of two sibling species of forest-dwelling rodent (Praomys rostratus and P. tullbergi) in West Africa: different reactions to past forest fragmentation, Molecular Ecology 17 (2008) 5118-5134.

Reichard M., Smith C., Bryja J.: Seasonal change in the opportunity for sexual selection, Molecular Ecology 17 (2008) 642-651.

Řehák Z., Bartonička T., Bryja J., Gaisler J.: New records of the Alcathoe bat, Myotis alcathoe in Moravia (Czech Republic), Folia zoologica 57 (2008) 465-469.

Tollenaere C., Bryja J., Galan M., Cadet P., Deter J., Chaval Y., Berthier K., Ribas Salvador A., Voutilainen L., Laakkonen J., Henttonen H., Cosson J.-F., Charbonnel N.: Multiple parasites mediate balancing selection at two MHC class II genes in the fossorial water vole: insights from multivariate analyses and population genetics, Journal of Evolutionary Biology 21 (2008) 1307-1320.

Tóthová A., Knoz J., Sonnek R., Bryja J., Vaňhara J.: Taxonomic problems in the subgenus Meloehelea Wirth of the genus Atrichopogon Kieffer (Diptera: Ceratopogonidae) inferred from both morphological and molecular characters, Entomologica Fennica 19 (2008) 1-12.


2007

Albrecht T., Schnitzer J., Kreisinger J., Exnerová A., Bryja J., Munclinger P.: Extrapair paternity and the opportunity for sexual selection in long-distant migratory passerines, Behavioral Ecology 18 (2007) 477-486.

Bryja J., Kment P.: True bugs (Heteroptera) of the Bukovské vrchy Hills (Poloniny National Park, Slovakia), Acta Musei Moraviae. Scientiae biologicae = Časopis Moravského muzea. Vědy biologické - Scientiae biologicae 92 (2007) 1-51.

Bryja J., Charbonnel N., Berthier K., Galan M., Cosson J.-F.: Density-related changes in selection pattern for major histocompatibility complex genes in fluctuating populations of voles, Molecular Ecology 16 (2007) 5084-5097.

Hájková P., Pertoldi C., Zemanová B., Roche K., Hájek B., Bryja J., Zima J.: Genetic structure and evidence for recent population decline in Eurasian otter populations in the Czech and Slovak Republics: implications for conservation, Journal of Zoology 272 (2007) 1-9.

Heroldová M., Bryja J., Zejda J., Tkadlec E.: Structure and diversity of small mammal communities in agriculture landscape, Agriculture, Ecosystems and Environment (2007) 206-210.

Kaňuch P., Fornůsková A., Bartonička T., Bryja J.: Multiplex panels of polymorphic microsatellite loci for two cryptic bat species of the genus cross-species amplification within the family Vespertilionidae, Molecular Ecology Notes 7 (2007) 871-873.

Kaňuch P., Hájková P., Řehák Z., Bryja J.: A rapid PCR-based test for species identification of two cryptic bats Pipistrellus pipistrellus and P. pygmaeus and its application on museum and dropping samples, Acta Chiropterologica 9 (2007) 277-282.

Kment P., Bryja J.: Description of Nasocoris lautereri sp. nov. from the Balkan peninsula, with a review of the genus Nasocoris (Hemiptera: Heteroptera: Miridae: Phylinae), Zootaxa 1633 (2007) 39-61.

Loiseau A., Konečný A., Galan M., Bryja J., Cosson J.-F., Brouat C.: New polymorphic microsatellite loci for rodents of the genus Mastomys using PCR multiplexing, and cross-species amplification in Myomys and Praomys, Molecular Ecology Notes 7 (2007) 684-687.

Poláková R., Vyskočilová M., Martin J.-F., Mays Jr. H. L., Hill G. E., Bryja J., Albrecht T.: A multiplex set of microsatellite markers for the scarlet rosefinch (Carpodacus erythrinus), Molecular Ecology Notes 7 (2007) 1375-1378.