Výzkum je rozdělen do tří základních výzkumných směrů. Biodiverzita Evoluční ekologie Obecná ekologie Bioinformatická výzkumná skupinaEvoluční interakce holobiontůHerpetologická diverzita (HerpDiv)Laboratoř výzkumu myšíSkupina evoluční genetiky savcůSkupina ochranářské biologieSkupina pro výzkum biodiverzity zemědělské krajiny Skupina ekologie a migrace ptákůSkupina evolučního modelováníSkupina pro výzkum hnízdního parazitismuVýzkumná skupina evoluční ekologie ptákůVýzkumná skupina evoluční ekologie rybVýzkumná skupina termální ekologie Skupina výzkumu netopýrůVýzkumná skupina ekologie rybVýzkumná skupina ekologie symbiontů primátůVýzkumná skupina zoonóz a emergentních infekčních nákaz
