Ústav biologie obratlovců (ÚBO) dokončil v prosinci 2020 na Květné v Brně renovaci molekulárně-genetické laboratoře, aby odpovídala požadavkům moderních přístupů při zpracování DNA. Nově zrekonstruovaná laboratoř tak nyní splňuje parametry pro práci s neinvazivními, forenzními a biohazard vzorky. Důležité součástí bylo oddělení místností pro izolaci DNA a přípravu polymerázové řetězové reakci (PCR) u kvalitních tkáňových vzorků a u méně kvalitních, zejména neinvazivních nebo forenzních, vzorků. Rovněž byla zlepšena separace obou těchto místností od prostoru, kde se pracuje s již namnoženými úseky DNA po PCR (PCR produkty), aby nedocházelo k nežádoucím kontaminacím vzorků.
V laboratoři budou zpracovávány vzorky, které lze zařadit do kategorie „biohazard“, tedy potenciálně infekční materiál (trus, krev), a je tedy rovněž potřeba ochránit manipulující osoby. Kromě klasických tkáňových vzorků různých obratlovců se zde budou analyzovat neinvazivní genetické vzorky (trus, chlupy, moč) v rámci ochranářsko-genetických projektů, např. v rámci projektu „Hledáme kočku, pozor divokou!“ (https://www.ivb.cz/aktuality/hledame-kocku-pozor-divokou/) nebo při výzkumu rysí populace (https://www.ivb.cz/aktuality/samci-rysu-putuji-necekane-daleko-zvysuji-tak-sance-na-preziti-druhu/). Tyto rekonstruované prostory a vybavení jsou vhodné také pro analýzu forenzních vzorků v oblasti „wildlife crime“, kdy je cílem analýzy DNA odhalit konkrétní druh nebo populaci obratlovce. Dále bude laboratoř zaměřena na analýzu neinvazivních vzorků různých skupin volně žijících zvířat, včetně mikrobiomu primátů (šimpanzi, gorily, https://www.ivb.cz/aktuality/jidelnicek-goril-africkych-lovcu-sberacu-a-zemedelcu-jako-inspirace-pro-reseni-zdravotnich-potizi-zapadniho-sveta/), dále na analýzy paternity (rodičovství), detekci hybridů nebo screening invazních druhů.
Laboratoř nyní disponuje dvěma cyclery, dvěma flowboxy pro míchání PCR, laminárním boxem Biohazard třídy II pro práci s biohazard vzorky, přístrojem Qubit na měření koncentrace DNA. Součástí laboratoře je běžné vybavení jako vortexy, centrifugy, thermoshaker a termostat. V rámci rekonstrukce byla vyměněna technologie na vizualizaci gelové elektroforézy. Předchozí přístroj na detekci DNA za pomoci UV záření byl nahrazen mnohem šetrnější technologií na principu detekce za pomoci LED světla.
Do budoucna se plánuje nákup dalších potřebných přístrojů, zejména Real Time PCR nebo systému Fluidigm, který umožňuje rychlou, spolehlivou a cenově rentabilní analýzu SNP markerů, které se začínají ve větším využívat v rámci genomických přístupů při analýze ochranářsko-genetických dat. Ochranářsky laděná laboratoř v Brně na Květné se tak zařadila po bok dalších dvou laboratoří ÚBO, které se nacházejí na detašovaných pracovištích ve Valticích, kde se studují převážně patogeny krev sajícího hmyzu, a ve Studenci, kde se zaměřují na celogenomové sekvenování a metabolomiku. Doufáme, že genetické analýzy, které zde budou prováděny, pomohou při výzkumu a ochraně vzácných a ohrožených druhů zvířat.
