Mitochondriální DNA je všeobecně používána k detekci druhů a vymezení jejich hranic. U mitochondrií myši domácí však v některých pozoruhodných případech došlo k porušení základních předpokladů a tím ke zpochybnění získaných výsledků. Tento projekt využívá modelový systém Evropské myší hybridní zóny (HMHZ) a nejmodernější NGS techniky k objasnění některých nevyjasněných aspektů evoluce mtDNA. Pozornost bude zaměřena na fylogeografii a kolonizační historii mtDNA haplotypů, jejich introgresi přes HMHZ, frekvenci heteroplasmie, mutační tempo, roli selekce a klíčové fenotypové koreláty. Konkrétně se zaměříme na to, kolik haplotypů vstupuje do HMHZ, které z nich jsou schopny introgrese a které naopak snadno podléhají invazi, jaký je účinek hybridizace na frekvenci heteroplasmie, jaké jsou rozdíly v mutačním tempu mezi funkčními vs nekódujícími oblastmi a zda je frekvence mutací specifická pro různé mitochondriální linie. Tento projekt je unikátní v tom, že umožňuje vhled do mitochondriální evoluce srovnatelný s evolucí člověka, se kterým je domácí myš spojena těsnými synantropními vazbami.
