Projekt má čtyři hlavní cíle: (i) podrobný průzkum biodiverzity (mokřadní ptáci, obojživelníci, ryby, zooplankton, bentos) a kvality prostředí nových malých vodních nádrží a tůní budovaných z prostředků OPŽP (MVN); (ii) vyhodnocení biodiverzity a kvality prostředí MVN v porovnání s ostatními mokřadními biotopy v zemědělské krajině na jižní Moravě (rybníky a přirozeně vzniklé stálé a vysychavé mokřady), (iii) vytvoření mapy oblastí nevhodných pro budování MVN a (iv) vytvoření metodiky managementu MVN pro dlouhodobou udržitelnost funkcí a biodiverzity s ohledem na degradaci vlivem eutrofizace, zarůstání a zavlečení nežádoucích druhů ryb; tato metodika bude vytvořena na základě managementových experimentů a analýzy získaných dat o biodiverzitě.
