Podle teorie hologenomu se genomy savců a metagenomy mikrobiot, které obývají jejch
zažívací trakt, vyvíjejí společně a jejich fitness je sdílena skrze společný fenotyp nazývaný
holobiont. Z toho vyplývá, že ko-evoluce mezi hositelem a mikrobiotou může hrát důležitou roli v
mnoha evolučních procesech hostitele, včetně speciace. Není nicméně zřejmé, jak jsou
předpoklady hologenomové teorie naplňovány u vztahů takových, jaký je mezi savci a jejich
střevní mikrobiotou.
Budeme studovat evoluční vzorce střevní mikrobioty přes široký a rozmanitý výsek fylogeneze
hlodavců – podčeleď Murinae. Zjistíme jakou měrou se podílí genetické pozadí vs. maternální a
sociální transfer na složení střevní mikrobioty v několika generacích hostitele v polopřirozených
podmínkách. Dále se zaměříme na možnou roli mikrobioty ve speciačních procesech pomocí
studia jejího složení a introgrese v hybridních zónách dvou druhů hlodavců. Introgrese a
rekombinace budou navíc studovány na úrovni celých genomů bakteriálních druhů u
modelového rodu Helicobacter.
