Hlavní náplní laboratoře je přispívat k surveillance a eko-epidemiologii emergentních infekčních nákaz v měnícím se prostředí. Identifikování nových patogenů ve zvířecích rezervoárech a rychlé určení jejich patogenního potenciálu je klíčovým faktorem pro potlačení globálních zdravotních hrozeb. Odhalujeme diverzitu širokého spektra bakteriálních a virových agens se zoonotickým potenciálem (v obratlovcích jako reservoárech a hematofágních členovcích jako přenašečích) a současně monitorujeme introdukci a šíření nových vektorů i nákaz v rámci místních ekosystémů. Z pohledu aplikovaného výzkumu získaná data slouží pro management zoonóz včetně návrhu strategie jejich účinné kontroly a formulace preventivních programů, a současně jsou podkladem pro prediktivní mapování a včasnou reakci v případě možných epidemií těchto onemocnění ve střední Evropě. Prosazujeme koncept One-Health a mezioborovou spolupráci vědců (mikrobiologů, zoologů, veterinářů, epidemiologů a dalších), místní samosprávy a rozhodovacích kapacit.