Tato skupina se specializuje na evoluční historii a interakce mezi obratlovci a přidruženou komunitou mikroorganismů zahrnující viry, bakterie, mikroskopické houby a makroparazity. Studovanými hostitelskými organismy jsou ptáci a drobní savci, se zvláštním zaměřením na hybridní zónu myši domácí. Ve výzkumu této skupiny se prolínají tři hlavní témata: 1) Na hybridních zónách hlodavců zkoumáme hostitelskou specificitu patogenů a parazitů, roli rekombinace u hostitelských přeskoků a význam mikrobiomu při vzniku druhů. 2) Celosvětové rozšíření a ekologická diverzifikace hlodavců nám umožňuje studovat funkci mikrobiomu při adaptaci hostitele, včetně adaptace na synantropní životní podmínky. 3) Studiem mikrobiomu a metabolomu peří a ptačí mazové žlázy zjišťujeme komplexní roli mikrobiomu tělního pokryvu ptáků v produkci antimikrobiálních a chemosignalizačních sloučenin a jejich význam v čichové komunikaci a obraně před patogeny.